De COGEM beschikt over de mogelijkheid om onderzoek te laten uitvoeren. Het onderzoeksprogramma is ondersteunend aan de adviserende en signalerende taken van de COGEM.
Het onderzoek van de COGEM richt zich op ontwikkelingen op het gebied van introductie in het milieu van ggo’s, het verbeteren van de risico-analyse, het identificeren en categoriseren van aan genetische modificatie gerelateerde ethisch-maatschappelijke vraagstukken en het identificeren van nieuwe wetenschappelijke ontwikkelingen en trends.